生物医学研究人员的免费工具

加速你的免费的宏基因组研究、生物信息学与表观遗传学研究工具

在这种精神Zymo研究开发了简单易用,在线工具帮助你的研究向前发展。发现什么工具可以帮助你简化你的工作流程,研究更上一层楼:


Zymo VirSieve管道的研究

图像VirSieve管道

VirSieve生物管道设计的探测和识别病毒突变序列从废水等困难的矩阵。这对SARS-CoV-2管道目前正在优化,但可以适应其他病毒的种类。VirSieve自动化校准的过程中,引物修剪(如果需要),变异召唤,注释和变体。VirSieve强调识别哪些突变更容易被生物现在和可解释为测序或分析工件或者其他潜在的虚假。VirSieve是建立在软件容器和带有预构建参考数据,确保运行和不同实验室之间的一致性。


Zymo研究传播计划

形象Zymo研究传输程序

Zymo研究传输程序是一个免费的COVID-19公共卫生数据报告程序上传测试结果COVID-19 CalREDIE数据库在加州公共卫生部门。这个COVID-19公共卫生数据报告程序可以允许上传的结果从简单的报告,可用于复杂的LIMS的地方修改成为符合公共卫生报告要求在加州。免费的开源软件,这COVID-19公共卫生数据报告程序既提高了流行病学监测在加利福尼亚和允许潜在的适应这个项目到其他国家报告系统。

了解更多关于其他解决方案从Zymo研究包括FDA欧洲大学协会授权SARS-CoV-2工作流快速SARS-CoV-2 rrt - pcr试剂盒

如何使用ZYMO研究传输程序

用图形界面运行Zymo研究传输

在这个视频中,我们将演示如何安装、设置,并开始上传测试结果使用Zymo加州公共卫生部门的研究传输,而不需要使用Windows命令控制台在10分钟。

如何使用传输程序


筛选评分系统

图像进行筛选的分数系统程序

筛选评分系统是一个容易扩展系统,包含一个完全自动化,集装箱microbiomics管道预期值的比较观察读丰度从标准化微生物群落与已知的相对丰度和制造公差。这个系统被设计成通过码头工人迅速部署highly-reproducible的方式在不同的计算基础设施和只需要原始测序读信息作为输入来生成一个详细的报告评分准确度相对于标准和提供一些数据,可以帮助识别潜在的偏见在微生物制剂。


亚硫酸氢底漆导引头

亚硫酸氢底漆导引头项目的形象

这个程序反映Zymo研究亚硫酸氢乏味的过程的简化设计引物。这个程序将帮助你在特别CG-rich序列设计引物,将为您提供多种选择跨内不同地区的扩增子序列。


费加罗

费加罗的形象图

费加罗是一种有效和客观的工具优化微生物rRNA基因调整参数。费加罗将快速分析错误率FASTQ目录的文件,以确定最优削减参数高分辨率目标微生物基因组测序管道,如利用DADA2和模糊的现象。

如何使用费加罗

介绍

Zymo bioinformatician迈克尔·温斯坦博士介绍费加罗,一个高效和客观工具优化微生物rRNA基因调整参数。

安装

运行在码头工人

在Python中运行

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