Pico Methyl-Seq图书馆准备装备
D5455 / D5456
Pico Methyl-Seq图书馆准备装备
猫# | 的名字 | 大小 |
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D5455 | Pico Methyl-Seq图书馆准备装备 | 10个家庭作业 |
D5456 | Pico Methyl-Seq图书馆准备装备 | 25日家庭作业 |
文档
突出了
- 亚硫酸氢广泛的工具包为亚硫酸氢转换之后,全基因组测序(WGBS)图书馆准备。
- 提供超低输入和兼容FFPE DNA样本。
- 简单,结扎,gel-free工作流可以在几个小时内完成。
描述
设备 | 微型离心机,thermocycler |
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输入 | 10个pg - 100 ng |
样本来源 | 协议是专为10 pg - 100 ng基因组DNA的输入。DNA酶抑制剂的应该是免费的,可以悬浮在水中,TE或低盐缓冲。DNA低260/280或260/230比率应该使用基因组DNA纯化前处理清洁&集中器(D4010)。 |
测序的兼容性 | 本设备生产库与Illumina公司TruSeq适配器可以测序的Illumina公司测序平台。 |
补充信息 |
Q1: cfDNA可以作为输入使用?
是的,我们已经成功地准备从cfDNA库使用Pico Methyl-Seq工具包。
Q2:有规则结合多个索引引物吗?
1。确保有多样性的第一夫妇的基地。Illumina公司建议选择条形码不共享相同的基本立场。2。根据“订购新引物可以购买额外的索引引物多路复用?“第三节。Illumina公司推荐以下多路复用策略6或更少的样品:2样品池:•指数# 6 GCCAAT•指数# 12 CTTGTA池3样本:# 4 TGACCA••指数指数# 6 GCCAAT•指数# 12 CTTGTA池6样本:•指数# 2 CGATGT•指数# 4 TGACCA•指数# 5 ACAGTG•指数# 6 GCCAAT•指数# 7 # 12 CTTGTA CAGATC•索引
问题3:索引引物用于RRHP 5-hmC图书馆准备工具包(D5451)一样的Pico Methyl-Seq图书馆装备(D5455) ?
是的,该指数底漆用于图书馆准备包是相同的。包都使用的引物序列Illumina公司TruSeq小RNA图书馆准备工具。
第四季度:应该如何排序Pico Mehtyl-Seq图书馆保持一致?
我们建议调整在单一的阅读顺序。
Q5:单端或成对端读应该执行吗?读取长度应设置?
我们通常序列Pico Methyl-Seq库与50个基点读取因为试图使读取超过50个基点导致降低调整利率。如果你还想序列库在100个基点或读取150个基点,我们建议削减读取到50个基点对齐,或连续5 - 10 bp每次看到什么时候对齐上升。Pico Methyl-Seq TruSeq生成库库。索引条形码的协议,可用于纸样上载到NextSeq多路分解。
Q6:输入DNA量化方法推荐?(PicoGreen SYBR或者qPCR) ?
我们量化输入DNA用量子位或Nanodrop,但任何方法都可以。输入与周期的范围宽,输入是充分的估计。基于1 ng,我们建议运行10周期放大。输入应该RNA-free DNA。
Q7:如果盖子thermo-cycler温度不下降到25°C ?
我们建议设置盖子温度不高于40°C PrepAmp反应(见第5页,第二节的步骤3),因为它可能导致分裂。
我想为什么图书馆带型看起来像DNA梯?
使用更高比例的PrepAmp底漆输入会导致DNA引物二聚体,进行最后的库。帮助避免带型:——试着减少PrepAmp底漆20 nM (~ 10 - 50 ng)的输入或输入10 nM (< 10 ng)。-请评估样本类型和样本数量的最佳比例。比率依赖类型的输入(cfDNA gDNA,限制性内切酶消化,等等)。图书馆是图书馆产生的Pico Methyl-Seq准备装备定向或非定向?图书馆准备用这个工具是无方向性的,因此,原最高,原始,互补链为每个将代表。
问:我只有几百个细胞。我可以使用EZ DNA甲基化-亚硫酸氢直接包转换直接从细胞?
是的,EZ DNA甲基化——闪电可以代替试剂的试剂EZ DNA甲基化——直接工具包(D5020)。
Q10: PrepAmp底漆和LibraryAmp引物的序列?
这些引物的序列的专有,但基于Illumina公司TruSeq适配器。为了削减,我们的生物信息学团队使用这个序列:GATCGGAAGAGC
猫# | 的名字 | 大小 | ||
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D4003-2-6 | DNA洗缓冲区(集中) | 6毫升 | ||
D4003-1-25 | DNA结合缓冲区 | 25毫升 | ||
D5001-3 | M-Binding缓冲 | 20毫升 | ||
W1001-1 | DNase / RNase-Free水 | 1毫升 | ||
D3004-4-1 | DNA洗脱缓冲 | 1毫升 | ||
C1001-50 | 集合管 | 50包 | ||
C1004-50 | Zymo-Spin IC列 | 50包 | ||
D5030-1 | 闪电转化试剂 | 1.5毫升 | ||
D5030-5 | L-Desulphonation缓冲 | 10毫升 | ||
D5001-4 | M-Wash缓冲 | 6毫升 | ||