Zymo-Seq RiboFree总RNA图书馆装备

R3000 / R3003

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R3000 Zymo-Seq RiboFree总RNA图书馆装备 12日家庭作业
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Zymo-Seq RiboFree总RNA图书馆装备

突出了
  • 普遍的损耗:小说probe-free技术耗尽rRNA从任何有机体。
  • 简单的图书馆准备:同时结扎的适配器可以减少实际处理。
  • 自动化友好:流线型的协议以提高可伸缩性。
描述

Zymo-Seq RiboFree总RNA图书馆装备是最简单的RNA-Seq图书馆准备工具包可用链,核糖体RNA (rRNA)耗尽,总RNA库。这全包RNA-Seq图书馆准备小说probe-free rRNA损耗技术装备功能,RiboFree普遍的损耗,是任何生物兼容的总RNA。因此,这个总RNA-Seq库组件提供了一个通用的和有价值的工具全转录组分析在无数的科学应用。损耗的核糖体RNA(可以包含多达90%的总RNA样本)是完全集成到图书馆准备工作流的工具。RiboFree普遍消耗使用输入RNA为模板驱动酶切除扭转过于丰富的核糖体RNA的转录cDNA序列,从而消除需要选择、设计或添加organism-specific探针。RiboFree普遍在生物王国和门损耗进行了验证,包括人类,啮齿动物、鸟类,植物,和各种原核生物,以及从广泛的样本类型包括细胞RNA, snap-frozen组织,FFPE组织和全血。它真的是一个对所有:通用rRNA损耗对任何有机体。作为总RNA-Seq库最简单的制备方法,Zymo-Seq RiboFree总RNA图书馆装备同时结扎部分P7和P5适配器的第一链的互补在一个步骤没有添加额外的人工序列;同时,试剂在大多数协议的部分预混合的格式准备使用。这样方便大大减少了实际处理。 The automation-friendly protocol allows RNA to NGS libraries in as little as 4 hours. Everything needed to make sequencing-ready libraries, such as unique dual indexing primers and SPRI beads, are included in the kit. It’s RNA-Seq made simple.

设备(用户提供) 热循环与加热盖、磁性代表0.2毫升PCR管、微型离心机为0.2毫升PCR管和1.5毫升微型离心机管、台式旋涡混合器。

赠送的磁铁站可以在网上付款直接R3000和R3003的美国客户。
输入质量 RNA的应该是免费的DNA污染和酶抑制剂、A260 / A280和A260 / A230≥1.8。RNA纯度较低的比率(A260 / A280和A260 / A230)应该DNase对待我和净化RNA清洁&集中器™(猫。不。R1013)前处理。RNA应该悬浮在水中,TE或低盐缓冲。

  • 为获得最佳效果,请使用完整的RNA(核糖核酸完整性号码或RIN≥8.0)。
  • 对降解RNA输入,明白了附录E附加协议的注意事项和建议修改。
库存储 库中筛选了DNA洗脱缓冲(提供)可能会存储在一夜之间≤4°C或≤-20°C的长期存储。
处理时间 只要4个小时
RNA的输入 10 - 250 ng的总RNA。

  • 为获得最佳效果,请使用推荐的10 - 250 ng输入。不使用超过250 ng。
  • 如果一个输入低于10 ng是必要的,看到的附录D附加协议的注意事项和建议修改。
样例输入材料 RNA从任何物种
测序平台的兼容性 图书馆是兼容所有Illumina公司®测序平台除了HiSeq®X。

Illumina公司最初HiSeq X上限制了应用程序专门为全基因组库。请确认与测序服务提供者可接受性和更多细节如果希望序列Zymo-Seq RiboFree总RNA库HiSeq X系列测序。
补充信息

从任何生物纯化总RNA。请参阅我们的Multi-Organism转录组应用注释(数据从之前版本的设备说明书v1.3.0)或发现更多的产品信息。

这个工具不是专为metatranscriptomics,因此这类应用程序性能无法保证。在我们使用总RNA提取的初步测试ZymoBIOMICS微生物群落标准(D6300),使用100 ng作为输入,并消耗了2小时了图书馆,剩余rRNA读取25%左右。因此,对于rRNA损耗metatranscriptomic样本复杂性较低(< 10微生物物种/株),这个设备可能是合适的,我们建议使用更高的总RNA作为输入尽可能选择执行消耗反应至少2个小时。为进一步的信息,请联系tech@zymoresearch.com。

可以准备库使用这个工具与降解RNA低RIN分数,如RNA FFPE样本,虽然性能可能的负面影响。使用退化样品最优结果,请参阅附录E工具包协议详细的建议,或接触tech@zymoresearch.com。

DNA污染将造成不利影响的准确性和灵敏度定量基因表达和基因表达差异分析。因此,我们建议删除DNA污染RNA输入之前执行Zymo-Seq RiboFree工作流。对于提取RNA,我们推荐使用RNA清洁& Concentrator-5 (R1013),其中包括DNase我治疗和随后的清理。这种方法已经验证了使用Zymo-Seq RiboFree工作流。

的Zymo-Seq RiboFree工具包使用输入RNA为模板驱动损耗的反向转录cDNA高度丰富的序列。这允许损耗probe-free和普遍兼容RNA从任何有机体。了解更多关于probe-free损耗功能在本质上。

一般来说,随机六聚体启动期间逆转录和反应条件在适当大小的插入损耗允许生产和最终库Illumina公司®测序仪。

湿度和温度不同实验室。因此,虽然我们不推荐具体的时间等,我们建议增加洗脱缓冲尽快珠颗粒湿抹干,使颗粒外观无光。通过控股管明亮的光线,这种变化更容易看到。

避免增加洗脱缓冲时,珠粒仍然潮湿,或颗粒裂缝后都可能导致图书馆产量减少。一个示例图像显示不同级别的“干燥”在这里,供您参考。

除了包含在96 - prep RiboFree工具包(R3003), UDI指标1 - 96也分开销售的Zymo-Seq UDI底漆板(猫。不。D3096)给你订单。

每个UDI底漆中设置Zymo-Seq UDI底漆集(猫。不。D3008)可以使用不止一次只要和相同的UDI集图书馆吗不池和测序在同一测序的车道。关于UDI底漆集的更多信息,请参阅附录B的工具包协议或联系tech@zymoresearch.com。

这个工具包是任何Illumina公司兼容®音序器。它不是直接与离子激流兼容®牛津纳米孔®,或者PacBio®平台。

是的,Zymo-Seq RiboFree损耗模块可以作为一个独立的产品,Zymo-Seq RiboFree普遍cDNA工具包(R3001),是兼容库制备包接受单链DNA作为输入。

有很多方法让你一定的指导手册。一种方法是检查冷试剂名称:他们是不同的两个版本之间,更新版本包括一个名为“消耗试剂4”的试剂。v1.3.0相比,总的来说,更新后的版本较低的最小输入(10 ng总RNA),较短的损耗反应时间(1小时100 ng的输入),和少一个轮珠清理。了解更多自更新设备的特性,或如果你需要一个电子拷贝之前的说明书(v1.3.0),请联系tech@zymoresearch.com。

可以准备库输入低于10 ng,虽然性能可能的负面影响。修改的协议在使用1 - 9 ng的RNA作为输入,请参阅附录D工具包协议详细的建议或接触tech@zymoresearch.com。我们不推荐扩展消耗反应过夜。

图书馆收益率可以取决于输入的质量和数量等因素RNA,和数字图书馆的PCR反应扩增循环。一般来说,使用10 ng的人类的普遍参考RNA (RIN > 8.0)作为输入,图书馆收益率> 10 nmol / L放大时11 DNA PCR循环和筛选了20µL洗脱缓冲。

这是说明书V1.3.0。更新视频协议说明书V2.0.0快到了。

“这可能是最好的RNA-seq图书馆准备装备我使用(我使用了很多)。它非常简单,让清洁、可再生的结果在一个非常合理的价格。我强烈推荐这个产品给任何人寻找更快和更容易图书馆准备装备。Zymo从来没有让我失望。”

加林娜(城市的希望)

“我认为这装备比Truseq更快和更简单的RNA图书馆准备装备。容易,我试过一次,有一个好的图书馆准备,高浓度和我没有犯任何错误在我第一次尝试!我一定会买这个工具,把它推荐给别人毫无疑问。”

-拉斐尔(加州大学伯克利分校)

“这RNA图书馆装备是易于使用和恢复良好效率。”

Veronica L (CICY墨西哥)

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D3004-4-50 DNA洗脱缓冲 50毫升
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W1001-6 DNase / RNase-Free水 6毫升
W1001-10 DNase / RNase-Free水 10毫升
W1001-30 DNase / RNase-Free水 30毫升
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