评估NDA质量

下发排序技术变换基因组研究,允许全基因组单日测序形式排序为科学家解答各种应用和生物系统基因问题提供超高可缩和快速方法今日NGS对生物学家都是必不可少的工具

NGS爆破后高质量脱氧核糖核酸需求增加详解NGS理想需求

NGS是什么

下一Gen排序法(质并行深度排序或第二代排序法)用于描述数项现代排序技术,允许数以百万计的脱氧核糖核酸碎片并行排序产生所有这些短读物后生物信息分析片段并发过程顺序全基因组多次传送高深度和精确数据

如何验证NGS脱氧核糖核酸

输入NGS管道的DNA质量和数量至关重要定序低质量核酸将导致性能减退甚至失效运行正因如此最优化脱氧提取管道

最一致和最强排序管道,我们建议NGS验证脱氧核糖核酸,分步如下:

剖析特征化
需要生成核酸剖面评价样本中存在的东西可使用agarose凝胶或生物解析器实现样本应具有以下特征:
高分子重力基因组脱氧核糖核酸
基因组脱氧核糖核酸应原封不动,不监听,不隔道大片涂片某些NGS工作流会进一步分解排序过程中的脱氧核糖核酸万一发生,它可能导致较低结果或完全从排序运行中选择
无RNA污染
序列基因组脱氧核糖核酸样本中不应有任何RNARNA可能不妨碍测序过程,但它可人工膨胀样本中存在的DNA量(尤其是光谱测量法)。
纯度
样本纯度需要通过光谱测量法评价(例如NanoDropTM2000年)。通过分析各种波长的吸附性,你可判定样本中是否存在基于吸附值的污染物最理想的是,NGS脱氧核糖核酸样本应测量如下:
260/280吸收率:~1.8
比率提供样本内脱氧核糖核酸对RNA总评估比例为~1.8通常对应高量脱氧核糖核酸样本,比为~2.0对应高量RNA样本值小于1.8表示蛋白质污染
260/230吸收率:>2.0
盐类、EDTA、酚类、碳水合物和其他污染物均吸收约230纳米高260/230比(高于2.0)表示脱氧核糖核酸样本中极少有这些污染物260/230比率 < 1.5,样本中存在大量污染物,可能对NGS工作流中多种酶反应产生负面影响。
使用率
流度量化方法为NGS管道金标准(如QuitTM或Pico/RiboGreenTM),因为它们只允许对脱氧核糖核酸量化然而,只要样本中不存在RNA沾染,产量也可以通过光谱测量来确定。
不论方法如何,脱氧核糖核酸应高量高集中度