如何获得质量DNA芯片测序吗

染色质免疫沉淀反应后测序,也称为ChIP-Seq,是一种被广泛接受的表观遗传的方法用于调查protein-DNA在全基因组范围内的相互作用。通过DNA-bound蛋白质芯片的协议,使用特定的抗体,免疫沉淀反应de-crosslinked,芯片DNA纯化,可以放大到足够的材料门店(下一代测序)。这个过程通常用于学术设置提供洞察基因调控及其在各种疾病和生物作用途径。虽然ChIP-Seq越来越广泛用于药物筛选和基础研究,有困难必须克服复杂的芯片内的协议。其中之一就是获得清洁和质量immunoprecipitated-DNA为了成功在PCR扩增等下游流程或门店库的一代。

使用ChIP-Seq优势

ChIP-Seq数据提供的最大优势是一种公正的方法来研究表观遗传学,不需要先验知识。这是一个精确的调查表观遗传模式,如组蛋白修饰、染色质调节蛋白,通过全基因组分析制药目标跨多个样本。但能够获得有价值的数据依赖于恢复高质量DNA芯片和集中。

为什么你需要清洁和集中DNA芯片

最成功的测序结果从ChIP-Seq需要高质量的DNA芯片的恢复。传统的(家酿啤酒)DNA芯片DNA样本可以净化方法复杂,因为使用的试剂,如苯酚/氯仿和乙醇沉淀会导致有机遗留物和共同沉淀。这种残余物质可以抑制下游酶步骤和结果中挥动图书馆偏见。一些商业清理DNA纯化方法有困难从de-crosslinked恢复少量的DNA样本。典型的DNA芯片实验被设计成产生免疫沉淀反应在毫微克范围,但往往很难获得纯化的DNA数量超过ng。重要的是少量的纯化DNA芯片材料质量为推荐的DNA芯片的输入范围是1 - 10 ng库预备步骤。

ChIP-Seq DNA质量的技巧

获得质量的两个主要因素下拉ChIP-Seq DNA是使用一个有效的清理方法和DNA芯片DNA集中在小卷的能力。看到在一个实验中et al ., DNA质量的关键的一步是净化decrosslinking后的样本应该发生。纯化试剂有很多可供选择的市场,但他们中的许多人大幅减少整个DNA产量。重要的是要找到一个净化装备,还可以维护已经小产量的芯片分析。除了维护样本收益,这个净化步骤需要确保没有试剂干扰在下游应用程序中,如结扎或放大在图书馆准备。另一个关键的步骤,以确保成功的图书馆放大是浓缩纯化的DNA。decrosslinking样本后,起始物料库代会稀释和一些样品甚至可能太大卷在一个实验中被放大。

得到清洁和集中使用芯片DNA样本清理工具,优化恢复少量的染色质的DNA,不留下残留影响图书馆准备。最有效的工具之一,是满足这些标准从Zymo研究DNA芯片清洁&集中器。它是专门配方促进DNA的DNA芯片绑定缓冲吸收的列在洗涤剂,抗体,蛋白酶通常用于芯片。与传统的苯酚/氯仿、乙醇沉淀的方法,这种基于列的装备也有准备,使用缓冲区和允许一个更简单、更高效的工作流程。因为它的易用性,这个包是完美的,如果这是你第一次做ChIP-Seq也是信任由经验丰富的研究人员。