基因组DNA提取的目的和成功的秘诀

了解基因组DNA时,一个常见的问题是“基因组DNA提取的目的是什么?”

基因组DNA提取是最普遍的过程之一,在生命科学中执行。基因组DNA包含所有的遗传、染色体物质的有机体,它编码生命所需的所有组件。基因组DNA提取的目的是分离这从其余的细胞遗传物质(蛋白质、RNA、细胞膜等)。一旦纯化,科学家可以研究单个基因,整个基因组序列,修改的DNA片段,等等。

然而,所有这些下游应用程序从基因组DNA纯化。因此,重要的是要确保你得到高质量的DNA。这就是为什么我们列出了基因组DNA纯化的最佳建议。

每个样本都是独一无二的,不同的DNA水平。一些示例类型(如肌肉组织),含有少量的DNA而其他人(如有核血)是充满多余的DNA。变得良好实践遵循指南样品加载过多的样本可以降低裂解效率,还可能堵塞列,这将影响设备的性能。

任何基因组DNA提取的第一步是溶解细胞为了打破细胞膜和发布内容。至关重要的是,细胞溶解步骤执行完成。不当裂解可以大大减少收益率(因为细胞内的DNA是困)或减少纯度(如过量细胞碎片可能水蛭盐)。以确保最佳的溶解条件,考虑样本类型开始。

细胞和生物液体

组织

自组织是一个三维实体矩阵,它需要一个更强的溶解过程。消化组织最快的方式是把样本(尽可能小)增加表面积。这将允许更多的空间为蛋白酶K分开小的部分组织。这样做可以大大加快消化时间所以你不必孵化过夜。

细菌和真菌

细菌和真菌细胞壁,使他们更加难以打开。一些酶和化学方法可以绕过这个限制,但效率取决于物种,年龄和阶段的生命周期。因此,为了确保完全溶解,最好使用物理方法如跳动的细胞与陶瓷珠。

植物和种子

植物组织中含有的细胞有一个厚的细胞壁,使其高度耐化学裂解方式。因此,植物组织必须在地面或切成小块,后跟一个溶解的物理方法,如破坏陶瓷珠子的组织,以确保完整的细胞溶菌作用。

其他的一切

基因组DNA提取的时候,最好的建议是运营速度你感觉最舒服。是否删除旋转列和放置到新的集合管或洗涤与正确的缓冲区,处理DNA提取性能发挥了巨大的作用。

大多数绑定缓冲含有盐。如果他们进入洗出液,它将显著地减少260/230比率和导致不洁净的预备。有几个方法,你可以试着帮助你减少盐污染最终DNA洗出液。

的洗脱步骤是一个最关键的整个工作流程。在这个步骤中,您将需要决定产量或浓度。可以恢复更多的DNA产量与洗脱体积更大。然而,如果你想要一个非常集中的样本,你的整体DNA产量会减少。牢记这一点再洗脱缓冲到列。

加热洗脱缓冲到55°C可以有助于提高洗脱效率。

秘密的提示,重新加载洗出液回列得到任何吃剩的DNA可能在列。然后孵化5分钟旋转通过洗脱。这可以增加收益率5%取决于样本。

知道基因组DNA提取过程,并不是一个万能的Zymo研究开发了一系列广泛的定制最好的基因组DNA提取试剂盒适合大多数样本类型。另外,大多数这些DNA提取试剂盒可用于各种格式(例如Microprep Miniprep 96,磁珠,等等)来适应不同的输入量和吞吐量。

作为参考,表1显示了特定的样本类型从Zymo推荐的DNA提取方法/工具的研究。同时,Zymo研究技术支持团队总是可以帮助确保在任何工作流成功提取DNA。

*表1:推荐基于样本类型DNA纯化试剂盒*
样本类型	推荐的设备
细胞、组织、血液、和其他生物液体	快速dna试剂盒
粪便和土壤	快速dna粪便/土壤微生物板
微生物培养物	快速dna真菌/细菌板
植物和种子样本	快速dna植物/种子板
尿液	快速dna尿液工具包
组织部分	确定滑动DNA隔离系统
FFPE样品	快速dna FFPE Miniprep
cfDNA从血清、血浆、脑脊液和羊水	Quick-cfDNA血清和血浆工具包
昆虫(蚊子、蜜蜂、果蝇、蜱虫等)。	快速dna组织/昆虫板
粪便、土壤、生物膜、水和生物液体微生物和Metagenome分析	ZymoBIOMICS DNA试剂盒
格思里,自由贸易协定,与其他存储文件	快速dna Miniprep +工具包
毛发和羽毛样本	快速dna Miniprep +工具包