提示和技巧来减少微生物污染水平

下一代测序使得microbiomics领域的大规模增长,允许科学家研究微生物在一个令人难以置信的深度。虽然这些工具的高灵敏度意味着增加质量和数量的数据,这也意味着收集的数据包括生物体没有原始样本。细菌或核酸污染了整个工作流程,如在样本收集、提取、或图书馆准备,也反映在微生物组测序数据。必威体育电脑版

这个污染,或微生物污染水平,应该是一个主要的考虑因素在发展中microbiomics工作流,因为它可能会影响分析的结果和解释。确保准确的表示微生物样品和外国污染降到最低,下面的提示和技巧可以用来减少微生物工作流的微生物污染水平。

在干净的环境中工作

确保成功的第一步,未被污染的微生物结果工作在适当的环境中,比如一个封闭的工作站或干净的房间。细菌可以在各种各样的表面,持续和微量的DNA可以在任何时间和任何地方。记住,你是在一个实验室工作环境中扩增子,专门为你microbiomics扩增子目标分析,存在。确保你有一个单独的工作站为每个应用程序和充分清洁表面。一个干净的工作环境以减少微生物污染水平至关重要。

建议保持实验室清洁

一个胶条目垫(粘性垫)在洁净室的入口或穿鞋套进入洁净室
使用一次性或专用实验室外套在洁净室
戴防护面罩或过程的面具面部隐蔽
穿蓬松的帽(发网)
戴无菌手套
HEPA过滤工作的房间
使用指定的无菌吸管小贴士提取,如果可能的话,使用过滤技巧
有效清洁工作台,适用10%漂白剂的台面,,让它在那里大约15分钟前删除。此外,清理转子,盖子和内部的微型离心机以及吸管建议用10%漂白剂,其次是70%的乙醇。乙醇用于确保中和的漂白剂,以防止下游干扰。
如果在任何时候你必须离开这个环境清洁和返回,再运用新鲜洁净室服装,如蓬松的帽、防护面罩等。实验室外套不应该离开洁净室环境。

选择较低试剂微生物污染水平

除了工作在适当的环境中,利用较低的DNA提取微生物污染水平认证工具和试剂在微生物研究中对减少微生物污染水平也很重要。要十分慎重,防止污染和微生物中提取DNA的引入和图书馆准备也很关键。使用较低试剂微生物污染水平和认真实践将帮助防止污染物的引入可能倾斜的微生物资料样本。

高级技巧,以确保试剂微生物污染水平较低

使用清洁生产过程时试剂。所有ZymoBIOMICS试剂的配方清洁生产过程(例如HEPA过滤环境)和前过滤整除。
如果使用工具,使用认证工具如微生物污染水平较低ZymoBIOMICS DNA试剂盒。这些工具已经为用户设计和高灵敏度,low-biomass样品以确保最小的污染细菌DNA的背景。低的微生物污染水平确定和量化使用qPCR 16 s rRNA放大。
净化和随后的分析,用新鲜的试剂,在干净的房间或者一个封闭的工作站。
确保珠子用于机械溶解污染物自由。ZR BashingBead管用于ZymoBIOMICS DNA包热压处理过的0.1毫米和0.5毫米珠子是高温烤(5小时250˚C)降解污染细菌的DNA。
要注意,以确保在处理之间没有交叉污染样品。
确保洗脱缓冲或DNase /核糖核酸酶游离水是新鲜、无污染。ZymoBIOMICS DNase / RNase-Free水DEPC-treated(焦碳酸二乙酯),一夜之间,孵化,然后由高压灭菌法灭活121˚C。水然后整除聚丙烯瓶,封顶松散,然后热压处理过的121˚C DNA消除污染,可能是aliquoting过程中引入的。这种治疗后,瓶子是限制严格防止进一步污染。

最佳的DNA提取和qPCR处理实践

除了工作在适当的环境中,我们建议一些措施来减少潜在的污染在提取和qPCR设置或类似的过程:

保持冰胸部或桶用于稳定试剂在洁净室和使用第二个冰柜里冰转移到胸部的清洁房间。
使用DNase / RNase-Free水。为缓解和安慰,ZymoBIOMICS DNase / RNase-Free水(D4302-5)认证的微生物污染水平较低,可供购买。
为每个准备和使用新的过滤吸管建议,如果可能的话,使用新的吸管提示即使重新加载示例相同的列。
使用新的吸管小贴士洗脱的DNA。建议吸管洗脱缓冲DNase /核糖核酸酶游离水直接列矩阵,所以吸管提示可能密切接触的列矩阵。
吸量管的维护校准。吸量管必须校准精确量化的少量的DNA样本。
经常改变吸管技巧来减少污染的试剂。
瓶子时,容器、管等是开放的,使用帽保护容器的口。这样,用户可以避免任何污染物落入试剂。
整除的试剂应该包含一个(最多两个)实验的设置。这样,用户可以减少试剂冻融的频率和重用以前污染试剂(如果存在污染)。
不同制剂、清洁工具用作必要用10%漂白剂,其次是70%的乙醇。
最初,一个主应该和整除化验。记得清除吸管提示,以确保准确的量化应用样本时好。DNA可以保持在吸管,吸量和效率是需要在处理少量的DNA。
要注意不要倾斜或悬停在试剂或工具。PCR板块倾斜或类似物品的角度可以看到到板,同时避免潜在的污染可能导致的盘旋。
最后,别忘了你没有模板控制(NTC) !