ZymoBIOMICS微生物标准
如何使用ZymoBIOMICS®微生物群落标准
ZymoBIOMICS®微生物群落标准和DNA标准可以用作输入评估microbiomics工作流定义。标准旨在帮助评估如何准确地测量微生物组成。他们可以用于两个主要应用:(1)建立和优化的准确和可靠microbiomics工作流,和(2)的常规质量控制建立microbiomics工作流。
微生物群落DNA标准
的ZymoBIOMICS®微生物群落DNA标准可用于确定区别图书馆准备协议解决其他变量,如测序平台和生物信息学分析方法。DNA在图书馆标准也在理想的优化条件制备过程中,e . g。PCR循环数,PCR退火温度、16 s底漆等。使用ZymoBIOMICS®微生物群落DNA标准简单地解冻标准和使用DNA的推荐量输入图书馆准备过程。我们建议第一次微生物群落标准用户开始使用这个工具来优化和验证你的测序和分析方法提取协议解决之前的偏见。
微生物群落的标准
虽然是高度建议使用标准相互结合,它们可以独立使用和服务两个目的。的ZymoBIOMICS®微生物群落的标准,这是一个包含知道模拟微生物群落数量的十个不同的微生物,是用来测量DNA提取方法的准确性。测量DNA提取方法的准确性,下次你从微生物中提取DNA样本,用75 ul微生物群落的标准和把它看成只是另一个你的一个实际的微生物样品。后提取的DNA样本和微生物群落标准,通过预先优化图书馆发送的DNA制备、测序和数据分析过程。我们提供了理论上的微生物群落的组成标准比较DNA测序的微生物群落标准经历了你的提取协议。如果有任何戏剧标准之间的主要差异和测序标准,你将能够确定提取协议中的缺陷。
如何建立一个精确的microbiomic工作流在你的实验室吗
如何ZymoBIOMICS®微生物群落和DNA标准帮助建立一个精确的microbiomics工作流?我们假设两种情况:用户想要在一个新的实验室建立microbiomics工作流和用户B想优化现有microbiomics工作流。我们将建议用户应用ZymoBIOMICS®微生物群落DNA标准首先来确定最佳实践后的工作流DNA提取步骤。确定使用哪个图书馆准备协议,你可以比较不同图书馆准备协议解决其他变量,如测序平台和生物信息学分析方法。例如,在16 s排序的情况下,您可以使用标准的比较不同图书馆准备协议,这样HMP协议和EMP协议。Zymo很快就会发布一个图书馆装备准备有针对性的测序。您还可以使用ZymoBIOMICS®微生物Commun在图书馆标准优化条件制备过程中,e . g。PCR循环数,PCR退火温度、16 s引物等。
确定最佳实践库的准备之后,你可以开始优化DNA提取步骤;这需要使用ZymoBIOMICS®微生物群落标准,手机格式。这个工具使您能够比较不同DNA提取协议或商业套件与微生物标准提取,隔离不同DNA提取DNA样本可以通过相同的方法,预先优化图书馆准备过程,测序和数据分析。是个好主意,包括DNA样品标准,这样你就可以比较结果之间的微生物群落DNA标准和标准。如果DNA的结果标准和微生物群落标准相互匹配,这意味着在你的DNA提取步骤有最小偏差;如果他们都同意与理论价值的标准,这意味着很少有偏见在整个工作流程。
后确定整个工作流程的最佳实践,在ZymoBIOMICS®微生物群落的标准可以作为质量控制整个工作流程。例如,它是一个很好的实践包括积极控制(ZymoBIOMICS®微生物群落标准)和消极的控制(空白控制)的每一批DNA提取。积极的控制将向您展示如何持续地,准确地工作流程执行。消极的控制可以帮助您评估总微生物污染水平(或污染)的工作流。包括消极的控制至关重要low-biomass样本的分析,如皮肤拭子。
分析16 s测序数据的ZymoBIOMICS®标准当测序ZymoBIOMICS®标准分析它们使用常规的16 s分析管道,如Qiime和Mothur。可以比较的测量组合理论组成的标准。问题,应该牢记在这比较包括:(1)你的测量是否涵盖了所有菌株与适当的分类任务和正确的数量,(2)你的测量是否表明外国拥有大量丰富的类群。分类任务可能不正确或不当的问题参考数据库。丰度估计可能因为DNA提取的偏见,偏见在图书馆准备,MiSeq运行质量差,等。外国类群可能表示过程污染,测序质量差,PCR嵌合体在图书馆准备、生物信息学分析,缺陷缺陷参考数据库,等等。同时ZymoBIOMICS®微生物群落标准和DNA标准认证的杂质水平较低,在DNA丰度< 0.01%。所以任何外国类群丰度高于0.01%来自工作流构件。
分析猎枪宏基因组数据的ZymoBIOMICS®标准测量的准确性的微生物组成,我们发现猎枪宏基因组测序通常比目标更准确排序,包括16 s测序。精度的增加可以归因于鸟枪测序图书馆准备协议要求少PCR循环或可以在16 s PCR-free库仅仅基于PCR的准备。就是说,猎枪宏基因组测序并不是不受偏见和体验的偏见。的ZymoBIOMICS®微生物群落DNA标准可以轻松帮你捕捉这种偏见。例如,使用ZymoBIOMICS®微生物群落DNA标准,我们发现Nextera XT的猎枪图书馆准备工具包(Illumina公司、钙、美国)导致更低的测序覆盖GC含量低的地区和GC含量高的地区。
